Antworten

interpretation GEDmatch,

Forum sur la généalogie génétique
shaka0
male
Beiträge: 79
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Grafisch
Den Stammbaum ansehen
Bonjour,

J'ai tester GEDmatch mais je n'y comprend pas grand chose, le tableau sur les comparaisons avec d'autres ça c'est clair.

Par contre les K13 et K36 c'est tout de suite un peu moins clair, j'ai testé quand même dans l'espoir de comprendre sur le tas.
Mais finalement cela reste quand même un brin nébuleux.

K13
2DFB6FE0-AE7E-4191-B178-BE9A13DD6F6B.jpeg
K36
DEC59E3E-EEDD-4CB6-A748-5150136FD0E0.jpeg
Si j'ai bien compris je suis du nord de l'Europe en majorité.
Par contre j'ai quelques questions ( vu que j'ai pas tout compris cela me semble normal du coup)

les estimations vont jusqu'ou dans l'échelles de temps?
Ce test est-il fiable?

Bien cordialement.
lilou8391
female
Beiträge: 302
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Grafisch
Den Stammbaum ansehen
Pour le K36, vous pouvez mettre le résultat sur ce site https://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/similitude.htm ca vous fera des cartes avec des pourcentages selon votre proximité à telle ou telle région du monde.
Pour le K13, vous pouvez-vous cliquer sur oracle-4 pour avoir plus de précisions.

Ces calculateurs sont pas trop mal mais après ça dépend des origines qu'on a, pour les français c'est toujours compliqué car ils ont des origines très proche de l'italien, l'ibere, l'anglais entre autre.
Mais le créateur de certains de ces calculateurs du projet Eurogenes à créer depuis un outil plus performant, le G25.
shaka0
male
Beiträge: 79
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Grafisch
Den Stammbaum ansehen
Bonjour Lilou,

Merci pour la réponse, je vais me poser sur ça ce soir.

Oui en effet pour les français malheureusement on est pas assez testé. Mais les matchs génétiques réservent parfois des surprises.

Cris
ffoucart
male
Beiträge: 1905
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Text
Den Stammbaum ansehen
Juste pour remettre ces calculateurs dans leurs contextes, ils ont presque 10 ans (plus de 8 en fait).
Ex, le post de David pour une mise à jour (en 2013)
http://bga101.blogspot.com/2013/11/updated-eurogenes-k13-at-gedmatch.html
ou son annonce quand il a intégré le K36 sur Gedmatch
http://bga101.blogspot.com/2013/03/eurogenes-k36-at-gedmatch.html

Et pendant que j'y suis, son avertissement sur le Jtest:
http://bga101.blogspot.com/2012/09/eurogenes-ashkenazim-ancestry-test-files.html

"Let me reiterate that this test was only supposed to be a fun experiment. It was never meant to be the definitive online Ashkenazi ancestry test. And even as fun experiments with ADMIXTURE go, it's now horribly outdated, and probably useless for anyone with less than 15-20% Ashkenazi ancestry."

"Permettez-moi de répéter que ce test n'était censé être qu'une expérience amusante. Il n'a jamais été conçu pour être le meilleur test en ligne de détection d'ascendance ashkénaze. Et même si des expériences amusantes avec ADMIXTURE marchent, il est maintenant horriblement dépassé, et probablement inutile pour quiconque ayant moins de 15-20% d'ascendance ashkénaze."

Il faut rappeler que la date majeure pour découvrir ses origines génétiques est 2015 et la publication d'Haak et al. sur les génomes des Steppes. Pas seulement pour la découverte en elle-même, mais car cela a entraîné la mise à disposition de centaines, puis de milliers, de génomes anciens, alors qu'avant cela, on pouvait les compter, sinon sur les doigts, du moins assez facilement de tête. D'où une apprehension différente de notre histoire et de comment interpréter certaines signatures génétiques.
shaka0
male
Beiträge: 79
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Grafisch
Den Stammbaum ansehen
Bonjour FFOUCART,

Du coup GEDmatch a finalement un intérêt plus que limité ou il ya des choses qu'on peu prendre avec un peu de sérieux? ( tout en sachant que les tests généalogiques manque de precision).

je vais peut-être rester sur les grandes entreprises du coup et arrêter d'aller voir les autres calculateurs.

cris.
jerome4
male
Beiträge: 9752
Je ne suis pas d'accord FFoucart, mais chacun à bien sûr son avis.

Les anciens calculateurs ne font pas moins bien que les nouveaux.
Je pense au G25 qui n'est pas mieux pour les compositions récentes, voir pire que le K36.
Il faut dire que K36 a été perfectionné par LukaszM avec des moyennes pour de nombreuses régions du monde, ce qui permet d'avoir des outils intéressants comme sur cette page https://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/similitude.htm

La seule chose où je suis d'accord, c'est pour les origines anciennes qui semble meilleurs et plus constantes avec G25 que pour les anciens calculateurs.

Donc, c'est à vous de voir ce qui vous semble le meilleur ou pas

PS: G25 est payant et je crois qu'il n'est pas disponible en ce moment.
jerome4
male
Beiträge: 9752
Donc, j'ai fait votre carte K36:
carteasups.png
Vous semblez donc venir du Nord-Ouest de la France puisque votre similitude la plus proche est pour cette région.

Je sais, on voudrait souvent savoir plus, connaître nos ancêtres avec plus de précision, mais c'est impossible avec les compositions ethniques.

Ils faut regarder les correspondances ou les groupes génétiques sur myheritage ou les régions sur 23andMe.
Mais cela ne donne pas de pourcentage, mais des possibles liens avec telle ou telle région
lilou8391
female
Beiträge: 302
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Grafisch
Den Stammbaum ansehen
jerome4 hat geschrieben: 12 April 2021, 20:28 Je ne suis pas d'accord FFoucart, mais chacun à bien sûr son avis.

Les anciens calculateurs ne font pas moins bien que les nouveaux.
Je pense au G25 qui n'est pas mieux pour les compositions récentes, voir pire que le K36.
Il faut dire que K36 a été perfectionné par LukaszM avec des moyennes pour de nombreuses régions du monde, ce qui permet d'avoir des outils intéressants comme sur cette page https://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/similitude.htm

La seule chose où je suis d'accord, c'est pour les origines anciennes qui semble meilleurs et plus constantes avec G25 que pour les anciens calculateurs.

Donc, c'est à vous de voir ce qui vous semble le meilleur ou pas

PS: G25 est payant et je crois qu'il n'est pas disponible en ce moment.
Le G25 n'est pas disponible via David directement jusqu'à juin ou juillet mais on peut obtenir ses coordonnées via le site d'illustrative dna, en payant 25 euros car ils fournissent leur rapport en plus sur les origines anciennes et modernes, que je trouve pas mal d'ailleurs, pour les 3 rapports que je leur ai commandés.

Par contre je ne suis pas d'accord quand vous dites qu'il n'est pas bon pour les origines modernes. Certes, de 1er abord sur vahaduo, sur les calculateurs modernes d'Eurogenes par exemple , le résultat peut être douteux notamment pour les origines d'Europe de l'Ouest car il y a énormément de recouvrement mais en faisant quelques réglages (ADD DIST COL sur 0.5) et en enlevant des échantillons de la source, on retombe souvent sur les origines attendues.
Personnellement ça m'a permis plusieurs fois de confirmer (ou pas) certaines régions pas spécialement attendues par la personne via myheritage par exemple, en combinant l'analyse des origines des correspondances adn.
On peut faire la même chose sur vahaduo avec les calculateurs Gedmatch K13 et K15 notamment qui ne sont pas mal non plus mais je trouve quand même moins précis que le G25 dans certains cas.
Mais je suis en plein apprentissage c'est pas non plus super évident, il faut connaître les zones de recouvrement mais à force de pratiquer j'en apprends beaucoup sur la génétique des populations.
jerome4
male
Beiträge: 9752
lilou8391 hat geschrieben: 12 April 2021, 21:23
jerome4 hat geschrieben: 12 April 2021, 20:28 Je ne suis pas d'accord FFoucart, mais chacun à bien sûr son avis.

Les anciens calculateurs ne font pas moins bien que les nouveaux.
Je pense au G25 qui n'est pas mieux pour les compositions récentes, voir pire que le K36.
Il faut dire que K36 a été perfectionné par LukaszM avec des moyennes pour de nombreuses régions du monde, ce qui permet d'avoir des outils intéressants comme sur cette page https://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/similitude.htm

La seule chose où je suis d'accord, c'est pour les origines anciennes qui semble meilleurs et plus constantes avec G25 que pour les anciens calculateurs.

Donc, c'est à vous de voir ce qui vous semble le meilleur ou pas

PS: G25 est payant et je crois qu'il n'est pas disponible en ce moment.
Le G25 n'est pas disponible via David directement jusqu'à juin ou juillet mais on peut obtenir ses coordonnées via le site d'illustrative dna, en payant 25 euros car ils fournissent leur rapport en plus sur les origines anciennes et modernes, que je trouve pas mal d'ailleurs, pour les 3 rapports que je leur ai commandés.

Par contre je ne suis pas d'accord quand vous dites qu'il n'est pas bon pour les origines modernes. Certes, de 1er abord sur vahaduo, sur les calculateurs modernes d'Eurogenes par exemple , le résultat peut être douteux notamment pour les origines d'Europe de l'Ouest car il y a énormément de recouvrement mais en faisant quelques réglages (ADD DIST COL sur 0.5) et en enlevant des échantillons de la source, on retombe souvent sur les origines attendues.
Personnellement ça m'a permis plusieurs fois de confirmer (ou pas) certaines régions pas spécialement attendues par la personne via myheritage par exemple, en combinant l'analyse des origines des correspondances adn.
On peut faire la même chose sur vahaduo avec les calculateurs Gedmatch K13 et K15 notamment qui ne sont pas mal non plus mais je trouve quand même moins précis que le G25 dans certains cas.
Mais je suis en plein apprentissage c'est pas non plus super évident, il faut connaître les zones de recouvrement mais à force de pratiquer j'en apprends beaucoup sur la génétique des populations.
Ce qui manque aux calculateur K13 ou K15, ce sont des moyennes régionales.
Mais les calculateurs eux-mêmes ne sont pas si mal.

Par contre, les anciens comme G25 ont le même défaut: les résultats varient selon la compagnie de test qu'on a choisit.
Et donc vraiment inutile de vouloir avoir de la précision avec ce genre calculateur...
shaka0
male
Beiträge: 79
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Grafisch
Den Stammbaum ansehen
Je trouve que nord ouest de la France c'est pas mal, j'ai des ancêtres en Bretagne d'autre en Belgique.
Je vois que l'Angleterre a un score élevée aussi, et que le nord de l'Europe est bien représenter .

De ce que je vois pour moi en tout cas, c est une moyenne des résultats entre 23andme qui me donne une majorité d'anglais mais rien en Scandinavie et MH qui me donne le plus fort pourcentage en Scandinavie.
ffoucart
male
Beiträge: 1905
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Text
Den Stammbaum ansehen
jerome4 hat geschrieben: 12 April 2021, 20:28 Je ne suis pas d'accord FFoucart, mais chacun à bien sûr son avis.

Les anciens calculateurs ne font pas moins bien que les nouveaux.
Je pense au G25 qui n'est pas mieux pour les compositions récentes, voir pire que le K36.
Il faut dire que K36 a été perfectionné par LukaszM avec des moyennes pour de nombreuses régions du monde, ce qui permet d'avoir des outils intéressants comme sur cette page https://gen3553.pagesperso-orange.fr/ADN/similitude.htm

La seule chose où je suis d'accord, c'est pour les origines anciennes qui semble meilleurs et plus constantes avec G25 que pour les anciens calculateurs.

Donc, c'est à vous de voir ce qui vous semble le meilleur ou pas

PS: G25 est payant et je crois qu'il n'est pas disponible en ce moment.
Je sais que tu as pas mal travaillé sur ces calculateurs, mais leur grande faiblesse est d'être batis sur des composantes artificielles, déduites de populations modernes. Composantes qui n'ont jamais existé (et je sais que tu ne partages pas mon avis sur ce point).

Par ailleurs, le problème pour les admixtures d'Oracle c'est que l'on n'a pas forcément de bons échantillons de comparaison (cf le problème pour French).

Mais sinon, si on prend un peu de recul, et que l'on extrapole à partir d'Oracle ou des outils créés depuis, cela donne une idée assez précise de notre signature génétique. Mais cela ne permet toutefois pas le degré de précision attendu par le plus grand nombre (mais il n'est pas atteignable sans une base de données considérable, et avec d'autres méthodes).

A mon sens, K13, K15 ou K36 sont des outils ludiques, mais il ne faut leur en demander trop.

Et il est un point qui me paraît très contestable, c’est d’extrapoler à partir de ces résultats sur les populations anciennes. La logique derrière est claire: Baltique c’est tant de Steppe et tant WHG, donc si on a 15% dé Baltique cela correspond à n% de Steppe et n% de WHG. Simple mais faux. D’une part car on fait 2 calculs à la place d’un, avec 2X les incertitudes, et de l’autre car toutes les populations sont un mélange de ces populations anciennes, donc il y trop de recoupements pour que cela ne fausse le résultat. Plus la dérive génétique. David a fait un post sur son blog à ce sujet pour expliquer les divergences entre Nord Européen de l’Ouest et de l’Est.
jerome4
male
Beiträge: 9752
En tout cas, pour moi c'est factuel:
Avec G25, je suis entre la Belgique et l'Alsace, avec K36, je suis bien dans ma région du Nord-Ouest.

Ce qui manque aux anciens calculateurs, c'est d'avoir beaucoup plus de moyennes régionales.
Je suis d'accord que la population "French" dans les oracles, c'est un peu n'importe quoi, mais cela ne remet pas en cause le calculateur par lui-même.

Tu critiques aussi les composants, mais dans G25, c'est une suite de nombre sans qu'on sache à quoi ils correspondent.

Dans les deux cas, c'est bien la comparaison entre les résultats qu'il faut faire.

Oui, j'ai fait quelques calculateurs à partir du K36 pour définir des populations anciennes.
Si j'y ai passé beaucoup de temps, c'est parce que les résultats étaient encourageant.
Mais la difficulté, c'est bien les frontières entre les peuples que ce soit au Paléolithique, au Néolithiques ou à l'âge du bronze.
Il y en a pas! Lorsqu'on définit le peuple des Steppes, on parle de Yamnaya seulement, ou Yamnaya + population d'Europe central et de l'Est?
Selon ce qu'on prend comme référence, on obtient des résultats différents.
ffoucart
male
Beiträge: 1905
Eingabeform: Grafisch
Navigation: Text
Den Stammbaum ansehen
jerome4 hat geschrieben: 13 April 2021, 09:07 Mais la difficulté, c'est bien les frontières entre les peuples que ce soit au Paléolithique, au Néolithiques ou à l'âge du bronze.
Il y en a pas! Lorsqu'on définit le peuple des Steppes, on parle de Yamnaya seulement, ou Yamnaya + population d'Europe central et de l'Est?
Selon ce qu'on prend comme référence, on obtient des résultats différents.
Tout à fait, c'est bien cela le problème. Même si "les frontières" entre populations sont assez claires (dans le sens ou un profil WHG n'est pas un profil EHG ou ANF), à condition de se placer clairement à une période donnée. Parler de WHG à l'Age du Bronze, cela n'a plus grand sens.

Par ailleurs, on ne sait pas encore vraiment quelle est la population source des Steppes (dans la littérature, c'est les Yamnaya mais c'est clairement faux (problème pour la migration vers l'Ouest, celle vers l'Est, les haplogroupes Y). Les Cordés sont clairement le vecteur pour une bonne partie des migrations, mais il s'agit d'une population soeur des Yamnaya pas de la population d'origine. A priori, Anthony a exclu les Khvalynsk, donc ce serait plutôt les Sredni Stog. On aurait un mélange EHG + CHG like plutôt au Mésolithique (voire au Paléolithique) cf les discussions sur le blog de David. Ce que ma petite étude rapide sur les sous clades des haplogroupes mt semble clairement appuyer (entre les Steppes et les cultures du Caucase, les sousclades ont divergés au plus tard vers le Dryas récent, ou juste après). Mais Harvard continue à chercher un mouvement du Croissant Fertile vers les Steppes. Pour le coup, c'est de l'aveuglement.

Mais cela veut dire qu'avec les Yamnayas, on n'a probablement pas la bonne population d'origine ce qui donne un biais aux résultats.

Et puis, on manque tellement de données pour certaines régions, sans compter le reste du monde (il ne s'agit pas ici d'européanocentrisme, mais de problèmes de conservation de l'ADN dans certains climats, et de peu d'accès à certains restes humains (pour cause de guerre ou politique)).
Antworten

Zurück zu „ADN (généalogie génétique)“