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Mise à jour des parentés ADN

Forum sur la généalogie génétique
tmesli
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Bonjour
Apparemment il y'a eu une mise à jour des parentés ADN avec ce message "Nous améliorons actuellement la pertinence des parentés ADN. Il est donc possible que le nombre de vos parentés ADN évolue dans les jours qui viennent. Pour de plus amples informations, merci de suivre ce lien."
la mise à jour est-elle terminée , ou alors le nombre des correspondances variera encore avant de se stabiliser à nouveau ?
Merci
ericdubois
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Je ne sais pas si le recalcul est terminé, mais j'ai déjà vu pas mal de changement. Je suis passé de 98 à 79 correspondances et mon épouse est passée de 39 à 86. Et toujours beaucoup de correspondances sans arbres. :(
poulduwic
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Bonjour
Je suis passé direct de 32 à 137 correspondants , avec 6 pastilles vertes, tous les autres ou presque avec une majorité de segments inférieurs à 10cM . J'ai vu que les segments sur zone pile-up étaient maintenant marqués
Par contre aucun message d'alerte pour cette arrivée massive de cousins (dont pas mal d'étrangers, connaître leur nationalité serait un +)
Cordialement
wendling
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Bonjour,

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Verdammi ... J'ai été multiplié entre 3 et 5 fois les matchs de chaques kits ... en 2 jours. Y a eue une campagne publicitaire de Geneanet au Superbowl ou quoi ?
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poufizac
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Avant -> moi : environ 40, ma compagne : près de 1000

Aujourd'hui -> moi : 119, ma compagne : 192 (elle avait beaucoup de correspondances par la fameuse zone d'empilement du chromosome 1)

Par contre, pas de meilleures correspondances dans les nouvelles de mon côté.
ericdubois
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ericdubois hat geschrieben: 24 April 2021, 04:28 Je ne sais pas si le recalcul est terminé, mais j'ai déjà vu pas mal de changement. Je suis passé de 98 à 79 correspondances et mon épouse est passée de 39 à 86. Et toujours beaucoup de correspondances sans arbres. :(
Ça a encore changé.
Je suis passé de 98 à 64.
Mon épouse passée de 39 à 120.

J'avais beaucoup d'empilement sur le chromosome 1. Je trouve des lieus et des noms communs, mais rarement des ancêtres communs. La majorité des correspondances restent < 0.25%. :(
perillo
perillo
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Qu'est ce que c'est la "fameuse zone d'empilement du chromosome 1" ? :?:
poufizac
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Certains chromosome ont des portions avec très peu de recombinaison, ce qui fait que beaucoup de personnes peuvent avoir une correspondance par ces portions, alors que l'ancêtre commun est en réalité très ancien.

Autrement dit, ce sont des correspondances que l'on peut ignorer dans la plupart des cas.

Les zones connues sont indiquées ici : http://www.khazaria.com/genetics/excess-ibd-regions.html ou encore ici (dernier tableau) https://isogg.org/wiki/Identical_by_descent
tmesli
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Même identique par population représente de l’intérêt non ?
poufizac
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Dans certains cas sûrement j'imagine, mais ça permet d'expliquer les situations où on se retrouve avec plein de correspondances que l'on n'arrive pas à expliquer.
selfonlypath
selfonlypath
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Dans mon cas, je suis passé de 23 correspondances à 236 correspondances avec des taux de correspondances vraiment très faible (de 0.31% à 0.1%). Ce qui est surprenant, la seule correspondance forte avec ma cousine 2nd degré est passé en orange alors qu'elle était verte avec 1.85% de correspondance. J'aimerai me tromper mais personnellement cette mise à jour pose un problème de fond sur les nouveaux algorithmes...
tmesli
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Je pense que la mise à jour est toujours en cours.
Le nombre de correspondances change tout les jours
jonathadn
jonathadn
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Bonjour,

pour infos la mise à jour est terminée :D

Les 2 points importants de cette mise à jour était:
- dans un premier temps, éliminer tous les matchs dont tous les segments étaient dans des zones dites "pile-up"

- dans un second temps, abaisser nos critères de renvoi pour vous renvoyer tous les matchs composés de segments de petites tailles (entre 7 et 12,5 cM)

En faisant ça nous avons également revu les niveaux de fiabilité (qui je le rappelle ne sont que des indicateurs pour vous aiguiller dans vos recherches):
- les matchs composés de segments inférieurs à 10 cM sont en rouge (pour ces matchs je vous conseille de regarder le nombre de SNPs qui compose les segments, 7cM sur 400 SNPs ou sur 2000 SNPs ne donnent pas la même information)

- les matchs dont au moins 1 segment est supérieur à 10 cM sont en orange

- les matchs (quelque soit le % d'ADN partagé) dont 50% et plus des segments sont dans des zones pile-up sont également en orange (@selfonlypath c'est pourquoi votre match à 1,85% est en orange)

Cette mise à jour était nécessaire avant d'introduire les listes de cousins ADN partagés et la triangulation des segments.
Cordialement,

Jonathan

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wendling
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jonathadn hat geschrieben: 26 April 2021, 09:51 Bonjour,

pour infos la mise à jour est terminée :D

Les 2 points importants de cette mise à jour était:
- dans un premier temps, éliminer tous les matchs dont tous les segments étaient dans des zones dites "pile-up"
Bonjour,
Je reste perplexe. La plupart des kits sur mon compte renvoient toujours encore des pastilles verte sur des matchs qui ne possèdent qu'un seul segment d'environ 22cm sur le chromosome 15 (20-25 Mb) c'est pas censé créer des empilements par ici ?
Y a t'il une liste exhaustive quelque part qui recense les zones que vous avez retouchées ?
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wendling hat geschrieben: 26 April 2021, 10:42
jonathadn hat geschrieben: 26 April 2021, 09:51 Bonjour,

pour infos la mise à jour est terminée :D

Les 2 points importants de cette mise à jour était:
- dans un premier temps, éliminer tous les matchs dont tous les segments étaient dans des zones dites "pile-up"
Bonjour,
Je reste perplexe. La plupart des kits sur mon compte renvoient toujours encore des pastilles verte sur des matchs qui ne possèdent qu'un seul segment d'environ 22cm sur le chromosome 15 (20-25 Mb) c'est pas censé créer des empilements par ici ?
Y a t'il une liste exhaustive quelque part qui recense les zones que vous avez retouchées ?
Bonjour wendling,

les zones pile-up ont été identifiées uniquement à partir des segments de notre base de données en regardant les régions des chromosomes pour lesquelles il y avait une surreprésentation de segments.

Mais, cela ne veut pas dire que nous avons identifié toutes les zones pile-up ! Il y en a sûrement quelques unes qui n'ont pas encore passé les seuils de détection par manque d'information. Il est également possible de retrouver dans vos matchs des segments (non situés dans des zones pile-up) mais partagés entre plusieurs matchs correspondant à des IBP...

Concernant votre exemple du chromosome 15, nous avons identifié une zone pile-up entre 23 et 25.1 Mb ce qui correspond à une distance génétique de en gros 8 cM. Si on détecte un segment qui overlap une zone pile-up dont la taille en cM est très différente (ici 22cM >> 8cM) alors on considère ce segment comme intéressant. Même si 8cM de ce segment sont dans une zone pile-up, il reste 14 cM partagé qui eux ne le sont pas.

En bioinformatique et biostatistiques, il faut faire certains choix ;) On peut être très stringent et ne renvoyer que les résultats dont on est complètement sûrs tout en sachant qu'on perd de l'information, ou bien on peut l'être un peu moins tout en sachant qu'en plus de résultats de bonne qualité on risque d'en renvoyer de moins bonne qualité. L'idée est de trouver le bon équilibre et c'est pas toujours simple :)

Après c'est à vous de trier vos matchs avec les données que l'on vous renvoie. Dans votre cas du chromosome 15, je pencherai également pour un segment faux-positif compte tenu du nombre faible de SNPs le composant (et pour info nous ne mettons pas de filtre sur les SNPs car cela favoriserait la détection de segments entre fichiers provenant de même compagnies).

En espérant avoir (un peu) répondu à vos questions !
Cordialement,

Jonathan

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